Mimo základní obecné roviny řízení zásob pracuje WinFAS i s dalšími návaznými agendami, jako např. hlášení Intrastat, evidence obalů EKO-KOM, EDI a ISDOC komunikace, práce se šaržemi, servis čárového kódu, pokladní prodej, reklamace, bonusový systém, importy a exporty dat a další.
Jednou z doplňkových agend WinFASu je aplikace pro vykazování Intrastatu (statický systém pro sledování pohybu zboží mezi členskými zeměmi EU při vnitrounijním obchodu). Díky ní je možné hromadně vyexportovat data pro Intrastat do souboru a ten nahrát do aplikace celní správy.
EDI komunikace (elektronická výměna dokladů) je dnes běžnou záležitostí, zvláště v případě obchodních řetězců. WinFAS umí v rámci EDI komunikace pořizovat nejen faktury, ale i dodací listy podle parametrů stanovených obchodními řetězci. Z exportovaných dat je možné vytvářet balíčky. Každý balíček může obsahovat doklady v různých formátech a další s nimi související doklady. Výsledný balíček pak buď může být odeslán e-mailem nebo externímu EDI providerovi (ORiON, ...).
Klienti, mající ze zákona povinnost zpětného odběru a využití odpadů z obalů, si evidenci obalů mohou vést a kontrolovat přímo v informačním systému WinFAS. Obaly jsou zastoupeny samostatnými položkami zásob, které mají nadefinovaný potřebný status pro jejich správnou evidenci EKO-KOM.
Velkoobchodní společnosti, které vyřizují nespočet objednávek denně a expedují je pomocí dopravců (PPL, GEIS, Česká pošta, atd.), mohou využít export CSV souborů pro tyto dopravce. Uživateli funkčnost zjednoduší práci při zadávání balíků do aplikací dopravců.
Doplňkovým modulem oblasti skladového hospodářství je možnost zapsání reklamace, vytvoření reklamačních případů s možností dělení dle typů zákazníků. WinFAS tak nabízí možnost sledování celého životního cyklu reklamace i s evidencí jejich jednotlivých kroků.
